De begroting van de Vervoerregio is opgebouwd uit het programma Verkeer & Vervoer, evenals de onderdelen Overhead en Algemene Dekkingsmiddelen. Binnen het programma Verkeer & Vervoer kent de Vervoerregio diverse subprogramma’s. Deze dragen allen bij aan de strategische doelstellingen van het Beleidskader Mobiliteit.